<후편: 남청의 원반>에서 주인공은 아카데미의 자매결연 학교인 「블루베리 아카데미」로 교환 유학을 떠나게 됩니다.

오랜 역사를 자랑하는 아카데미와는 달리, 블루베리 아카데미는 최근에 신설된 학교로,

포켓몬 배틀 교육에 특별히 힘을 쏟고 있습니다.

놀랍게도 학교의 대부분이 바닷속에 자리하고 있습니다.

주인공은 수업에 참가하거나 현지의 학생들과 교류하는 등, 색다른 학교생활을 체험하게 됩니다.