<전편: 벽록의 가면>에서 주인공은 매년 다른 학교와 공동으로 개최되는 「자연 학교」의 멤버로 선출되어 「북신의 고장」을 찾아가게 됩니다.

북신의 고장에는 커다란 산이 우뚝 솟아 있으며, 산자락에 사람들이 살고 있습니다.

논과 사과밭 등, 팔데아지방과는 또 다른 조용한 자연이 펼쳐져 있습니다.

또한, 북신의 고장에서는 특정 시기가 되면 마을 축제가 열리며, 다양한 노점으로 북적인다고 합니다.

주인공은 새로운 친구와 포켓몬을 만나며, 북신의 고장에 전해 내려오는 설화에 대한 비밀을 풀어가게 됩니다.